Microarray para subclasificación del virus de la influenza A

Imagen tomada con fines académicos de https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0017529

El virus de la Influenza A se puede subclasificar de acuerdo a la Hemaglutinina (16 subtipos) y Neuranimidasas (9 subtipos). Como diagnóstico se puede utlizar Microarrays de dos tipos. El microarray de secuenciación, se utiliza para determinar las secuencias de nucleótidos de HA y NA para la clasificación de los virus. Y por su parte, Microarray de hibridación utiliza conjuntos de sondas de oligonucleótidos inmovilizados que forman complejos con ADNc virus-específicos  etiquetados con marcadores fluorescentes. 

Figura 1. Patrón de hibridación de microarrays obtenido para amplicones de diferentes subtipos de neuraminidasa y hemaglutinina del virus de la Influenza A e histogramas respectivos.

Imagen tomada con fines académicos de https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0017529

Bibliografía:

1. Ryabinin VA, Kostina EV, Masakova GA, Neverov AA, Chumakov KM, Sinyakov AN. Universal Oligonucleotide Microarray for Sub-Typing of Influenza A Virus. Journals Plos [Internet]. 2011 [citado el 24 nov de 2019]. Disponible en https://journals.plos.org/plosone/article/file?id=10.1371/journal.pone.0017529&type=printable

Ensayo de PCR para detección de Virus de la Influenza A

                                          

Tema: Detección directa de virus de influenza A y B en menos de 20 minutos utilizando un ensayo de PCR rápida disponible comercialmente.

Objetivo: Detectar Virus de la Influenza A y B, de marea rápida y eficiente, con el fin de obtener un diagnóstico e identificación adecuados y poder brindar un tratamiento correcto.

Muestra: Hisopados Nasofaringeos colocados en 3 ml de VTM.

Tipo de ADN: ARN genómico Viral

Genes a amplificar: TNF, NOS3, HLA-B, Bcl-2.

Extracción de ADN:

Se utilizó el analizador Roche Cobas Liat.

PCR en Tiempo Real (Ensayo Cobas Liat): Se utilizó el analizador Roche Cobas Liat y sus instrucciones. Automatiza la interpretación de los resultados, y en la pantalla del analizador Liat se muestra un informe de detección de influenza A o B detectada o no.

Roche Cobas Liat.

Imagen tomada con fines didácticos de https://roche63-h.assetsadobe2.com/is/image/content/dam/diagnostics/us/en/products/c/cobas-liat/cobas-liat-operation-slide.jpg?wid=321&hei=189&cropn=0.07,0,0.86,1

Sensibilidad Analítica y Especificidad Analítica:

·       Sensibilidad del 99,2% (intervalo de confianza [IC] del 95%, 95,1% a 99,9%) para la gripe A y el 100% ((IC 95%, 83.1% a 100%) para influenza B.

·       Especificidad para influenza A y influenza B 100%

Bibliografía:

1. Binnicker MJ., Espy MJ., Irish CL., Vetter EA. Direct Detection of Influenza A and B Viruses in Less Than 20 Minutes Using a Commercially Available Rapid PCR Assay. Journal ASM [Internet]. 2015 [citado el 17 de nov de 2019]; 53 (7): 2353-2354. Disponible en https://jcm.asm.org/content/53/7/2353.short

Prueba de Tamizaje y prueba confirmatoria para Neumonía Viral

Prueba de Tamizaje: El ensayo FARP es una prueba de ácido nucleico multiplexada capaz de  de detectar  20 patógenos respiratorios, entre ellos: influenza A, influenza A subtipo H1, influenza A subtipo H3, influenza A subtipo 2009 H1, influenza B.

Prueba Confirmatoria: La técnica de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-PCR) múltiple es útil para la detección de virus de la influenza A, B y subtipos A H1N1, pdm09, y A H3N2. 

¿Cómo obtener alta especificidad en resultados de one-step RT-PCR?

                             
Bibliografía: 
1.  Crotty MP., Meyers S., Hampton N., Bledsoe S., Ritchie D., et al.  Impact of antibacterials on subsequent resistance and clinical outcomes in adult patients with viral pneumonia: an opportunity for stewardship. Critical Care [Internet]. 2015 [citado el 10 de nov de 2019]; 19 (404). Disponible en https://ccforum.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13054-015-1120-5

 

Alteraciones de la Epigenómica por Virus de la Influenza A

                            

Los miRNA específicos regulan la expresión de genes y proteínas para la diferencias celular de vías respiratorias humanas. La infección por el virus de la Influenza A desregula la expresión de algunos miRNA. Entre ellos, se encontró un aumento en miR-55, asociado con la regulación negativa de KGF durante la reparación pulmonar post-infección y regula la función de las células TCD8 inducidas por el virus. De igual manera se halló alteraciones en miR-29, miR-30, miR-21 y let-7, el cual puede actuar como supresor tumoral. 

miR-155 regula la lesión pulmonar y morbilidad durante la recuperación de la infección por influenza.

A: Morbilidad medida por pérdida de peso. B: Expresión inflamatoria de citosinas en el homogeneizado de pulmón. C; expresión del gen profibrótico por RT-PCR cuantitativa. D: Lesión pulmonar y contenido de colágeno por tinción OHP.
Imagen tomada con fines educativos de https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0002944017300627

Referencias Bibliográficas:
1. Pociask D., Robinson K., Chen K., McHugh K., Clay E., Huang G. Epigenetic and Transcriptomic Regulation of Lung Repair during Recovery from Influenza Infection. The Americal Journal of Pathology [Internet]. 2017 [citado el 3 de nov de 2019]. 187 (4): 851-863. Disponible en https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0002944017300627