Microarray para subclasificación del virus de la influenza A

Imagen tomada con fines académicos de https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0017529

El virus de la Influenza A se puede subclasificar de acuerdo a la Hemaglutinina (16 subtipos) y Neuranimidasas (9 subtipos). Como diagnóstico se puede utlizar Microarrays de dos tipos. El microarray de secuenciación, se utiliza para determinar las secuencias de nucleótidos de HA y NA para la clasificación de los virus. Y por su parte, Microarray de hibridación utiliza conjuntos de sondas de oligonucleótidos inmovilizados que forman complejos con ADNc virus-específicos  etiquetados con marcadores fluorescentes. 

Figura 1. Patrón de hibridación de microarrays obtenido para amplicones de diferentes subtipos de neuraminidasa y hemaglutinina del virus de la Influenza A e histogramas respectivos.

Imagen tomada con fines académicos de https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0017529

Bibliografía:

1. Ryabinin VA, Kostina EV, Masakova GA, Neverov AA, Chumakov KM, Sinyakov AN. Universal Oligonucleotide Microarray for Sub-Typing of Influenza A Virus. Journals Plos [Internet]. 2011 [citado el 24 nov de 2019]. Disponible en https://journals.plos.org/plosone/article/file?id=10.1371/journal.pone.0017529&type=printable

Ensayo de PCR para detección de Virus de la Influenza A

                                          

Tema: Detección directa de virus de influenza A y B en menos de 20 minutos utilizando un ensayo de PCR rápida disponible comercialmente.

Objetivo: Detectar Virus de la Influenza A y B, de marea rápida y eficiente, con el fin de obtener un diagnóstico e identificación adecuados y poder brindar un tratamiento correcto.

Muestra: Hisopados Nasofaringeos colocados en 3 ml de VTM.

Tipo de ADN: ARN genómico Viral

Genes a amplificar: TNF, NOS3, HLA-B, Bcl-2.

Extracción de ADN:

Se utilizó el analizador Roche Cobas Liat.

PCR en Tiempo Real (Ensayo Cobas Liat): Se utilizó el analizador Roche Cobas Liat y sus instrucciones. Automatiza la interpretación de los resultados, y en la pantalla del analizador Liat se muestra un informe de detección de influenza A o B detectada o no.

Roche Cobas Liat.

Imagen tomada con fines didácticos de https://roche63-h.assetsadobe2.com/is/image/content/dam/diagnostics/us/en/products/c/cobas-liat/cobas-liat-operation-slide.jpg?wid=321&hei=189&cropn=0.07,0,0.86,1

Sensibilidad Analítica y Especificidad Analítica:

·       Sensibilidad del 99,2% (intervalo de confianza [IC] del 95%, 95,1% a 99,9%) para la gripe A y el 100% ((IC 95%, 83.1% a 100%) para influenza B.

·       Especificidad para influenza A y influenza B 100%

Bibliografía:

1. Binnicker MJ., Espy MJ., Irish CL., Vetter EA. Direct Detection of Influenza A and B Viruses in Less Than 20 Minutes Using a Commercially Available Rapid PCR Assay. Journal ASM [Internet]. 2015 [citado el 17 de nov de 2019]; 53 (7): 2353-2354. Disponible en https://jcm.asm.org/content/53/7/2353.short

Prueba de Tamizaje y prueba confirmatoria para Neumonía Viral

Prueba de Tamizaje: El ensayo FARP es una prueba de ácido nucleico multiplexada capaz de  de detectar  20 patógenos respiratorios, entre ellos: influenza A, influenza A subtipo H1, influenza A subtipo H3, influenza A subtipo 2009 H1, influenza B.

Prueba Confirmatoria: La técnica de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-PCR) múltiple es útil para la detección de virus de la influenza A, B y subtipos A H1N1, pdm09, y A H3N2. 

¿Cómo obtener alta especificidad en resultados de one-step RT-PCR?

                             
Bibliografía: 
1.  Crotty MP., Meyers S., Hampton N., Bledsoe S., Ritchie D., et al.  Impact of antibacterials on subsequent resistance and clinical outcomes in adult patients with viral pneumonia: an opportunity for stewardship. Critical Care [Internet]. 2015 [citado el 10 de nov de 2019]; 19 (404). Disponible en https://ccforum.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13054-015-1120-5

 

Alteraciones de la Epigenómica por Virus de la Influenza A

                            

Los miRNA específicos regulan la expresión de genes y proteínas para la diferencias celular de vías respiratorias humanas. La infección por el virus de la Influenza A desregula la expresión de algunos miRNA. Entre ellos, se encontró un aumento en miR-55, asociado con la regulación negativa de KGF durante la reparación pulmonar post-infección y regula la función de las células TCD8 inducidas por el virus. De igual manera se halló alteraciones en miR-29, miR-30, miR-21 y let-7, el cual puede actuar como supresor tumoral. 

miR-155 regula la lesión pulmonar y morbilidad durante la recuperación de la infección por influenza.

A: Morbilidad medida por pérdida de peso. B: Expresión inflamatoria de citosinas en el homogeneizado de pulmón. C; expresión del gen profibrótico por RT-PCR cuantitativa. D: Lesión pulmonar y contenido de colágeno por tinción OHP.
Imagen tomada con fines educativos de https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0002944017300627

Referencias Bibliográficas:
1. Pociask D., Robinson K., Chen K., McHugh K., Clay E., Huang G. Epigenetic and Transcriptomic Regulation of Lung Repair during Recovery from Influenza Infection. The Americal Journal of Pathology [Internet]. 2017 [citado el 3 de nov de 2019]. 187 (4): 851-863. Disponible en https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0002944017300627

Alteraciones de la Traducción del Virus de la Influenza en Neumonía

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La simplicidad de la estructura secundaria de la secuencia de la región 5'-UTR del gen HA, puede determinar las tasas generales de replicación y transmisión del virus. La sustitución de un nucleótido en la 5'-UTR de una molécula de ARN, conduciría a una disminución de 500 veces en su velocidad de traducción.  Por lo que, se supone  que la estructura de la 5'-UTR del ARN de la cadena plus de Hemaglutinina determina la eficiencia de traducción de la proteína Hemaglutinina, así como la eficiencia de replicación del virus completo.

Ensayo de transcripción / traducción acoplado in vitro con secuencias representativas de HA 5'-UTR.

Imagen tomada con fines educativos de: https://link.springer.com/article/10.1186/s40249-015-0083-8

Referencias Bibliográficas:

1. Zhang, ZW., Liu, T., Zeng, J. et al. Prediction of the next highly pathogenic avian influenza pandemic that can cause illness in humans. Infect Dis Poverty [Internet]. 2015 [citado el 25 de oct de 2019]; 4: 50. Disponible en: https://link.springer.com/article/10.1186/s40249-015-0083-8

Alteraciones de la Transcripción en Neumonía a causa del Virus de la Influenza

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Los estudios de factores transcrpcionales permiten tener información acerca de la respuesta inmune que presentará el hospedador. La inflamación provocada por el Virus de la Influenza tipo A es regulada por los factores de transcripción NFkB, HMGA1 y NFATC4. Por otro lado, las infecciones asintomáticas se asocian con la inducción de reguladores negativos de las señales inflamatorias, especialmente NLRP3 y NOD2. Muchos factores de transcripción, incluidos IRF7, STAT1 y NFkB1, son inducidos por todas las cepas. 

Perfiles de expresión de ARNm para factores de transcripción modulador por Virus de Influenza A en puntos de tiempo tardío.

Imagen tomada con fines académicos de https://link.springer.com/article/10.1186/s12865-015-0107-y

Referencias Bibliográficas.

1. Thakar J,. Hartmann B.M, y Marjanovic N. Comparative analysis of anti-viral transciptomics reveals novel effects of influenza immune antagonism. BMC Immunol [Internet]. 2015 [citado el 19 de Oct de 2019]; 16:46. Disponible en https://link.springer.com/article/10.1186/s12865-015-0107-y

Alteraciones de la Replicación en Neumonía por causa del Virus de la Influenza

                      
La influenza es causada por un virus que pertenece a la familia Orthomixoviridae, el genoma está organizado en ocho fragmentos de ARN sencillo de polaridad negativa. Tres de estos fragmentos codifican para las proteínas PB1, PB2 y PA, responsables tanto de la replicación del genoma como de la expresión del ARN mensajero.  La sustitución de aminoácidos Glu627 por Lys627 en la proteína del complejo polimerasa PB2 se ha asociado con una mayor replicación del virus. Mediante receptores de ácido siálico localizados en la superficie de las células huésped, el virus infecta el sistema respiratorio. 

Imagen tomada con fines educativos de: https://www.researchgate.net/profile/Fernando_Landreau/publication/324223482/figure/fig1/AS:612034366406656@1522931772168/Figura-3-Esquema-del-ciclo-de-replicacion-del-virus-influenza-1-Entrada-del-virus-a.png

Referencias Bibliográficas:

1. Rivera J., Sarmiento L., Parra e., Toro G. Neira M., Méndez J., Barbosa J. y Caldas M. Alteraciones morfológicas en pulmón por la influenza A H1N1/v09 en autopsias, Colombia, 2009. Biomédica [Internet]. 2011 [13 de Oct de 2019]; 31:372-80. Disponible en: http://www.scielo.org.co/pdf/bio/v31n3/v31n3a09.pdf
2. Zhang, ZW., Liu, T., Zeng, J. et al. Prediction of the next highly pathogenic avian influenza pandemic that can cause illness in humans. Infect Dis Poverty [Internet]. 2015 [citado el 25 de oct de 2019]; 4: 50. Disponible en: https://link.springer.com/article/10.1186/s40249-015-0083-8

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